在奶牛场中使用巴氏奶生产线的巴氏杀菌段最常用的方法是使用板式换热器的高温短时间过程。这个过程巴氏奶生产线的板式杀菌机将牛奶加热到85℃，在该温度下在连续流动条件下保持足够的固定时间以确保破坏存在的致病生物体，然后冷却进入巴氏奶生产线中的制冷罐进行制冷储存。另一种作用是通过巴氏杀菌减少牛奶中的细菌负荷来提高保质期。
巴氏奶生产线在鲜奶巴氏灭菌过程有两个不同的目的：
一方面是公共卫生方面：通过销毁所有可能危害健康的细菌(病原体)，使牛奶和奶制品安全供人食用。另一方面是保持质量方面：可以提高鲜奶和奶制品的品控。 巴氏奶生产线工作中巴氏杀菌的过程可以破坏一些不需要的酶和许多腐败细菌。 经过巴氏杀菌处理过的鲜奶在保质期可达5-7天。
在加工巴氏奶的过程中，巴氏杀菌的目的就是杀死存在的有害菌，正常情况下巴氏奶生产线工作时，将所巴氏杀菌的温度/时间组合设定 在72℃16秒。 为了提供必要的安全余量，因为传统巴氏杀菌设备的不足，通常在加工厂内需要高于更低要求的温度/时间关系。为了提高巴氏奶的质量，巴氏奶生产线杀菌过程中使用85℃/15s的巴氏灭菌温度，从而改善巴氏杀菌过程的细菌破坏效率，并因此在巴氏奶生产线出口处的奶中获得较低的细菌负荷。
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